1. ลำดับแรกให้ดาวน์โหลดและติดตั้งโปรแกรม Atmel SAM-BA รุ่นล่าสุด โดยสามารถดาวน์โหลดได้จาก
http://www.atmel.com/tools/ATMELSAM-BAIN-SYSTEMPROGRAMMER.aspx ในกรณีที่มีการติดตั้งโปรแกรมรุ่นก่อนหน้า เวอร์ชัน 2.11 ให้ทำการยกเลิกการติดตั้งออกก่อนโดยดูข้อมูลเพิ่มเติมได้จากไฟล์ usb_notice.html (ไฟล์จะอยู่ในโฟลเดอร์ doc หลังจากที่เราติดตั้งโปรแกรมเสร็จแล้ว)
2. จากนั้นให้ทำการแกะเคสตัว J-Link ออก

3. หาตำแหน่งจุด ERASE และ TST เหมือนดังในรูปด้านล่าง ในกรณีที่ตัว PCB อาจเป็นรุ่นอื่นที่แตกต่างกันจากรูป ให้หาจุดที่เชื่อมต่อกับตำแหน่งขา Pin 50 (ERASE) และ Pin 40 (TST) ของไอซี AT91SAM7S64 แทน

4. เชื่อมต่อ J-Link กับคอมพิวเตอร์ทางพอร์ต USB จากนั้นช๊อตตำแหน่ง ERASE กับ 3.3V ทิ้งไว้ 5 วินาทีแล้วยกเลิกการช๊อต แล้วถึงถอดสาย USB ออก

5. จากนั้นช๊อตตำแหน่ง TST กับ 3.3V แล้วเชื่อมต่อ J-Link กับคอมพิวเตอร์ทางพอร์ต USB ทิ้งไว้ 10 วินาที ถอดสาย USB ออกแล้วยกเลิกการช๊อต

6. หลังจากที่เราทำการรีเซตตัวชิป AT91SAM7S64 บน J-Link เสร็จเรียบร้อยแล้ว เมื่อทำการเสียบ J-Link เข้ากับคอมพิวเตอร์อีกครั้ง คอมพิวเตอร์จะมองเห็น J-Link เป็น Virtual Serial port (AT91 USB To Serial Converter) พร้อมแสดงหมายเลข COM port ที่ทำการเชื่อมต่อ

7. เปิดโปรแกรม SAM-BA ขึ้นมา จากนั้นเลือกช่องทางการติดต่อให้ตรงกับหมายเลข COM port ที่เจอตัว J-Link ดังหัวข้อข้างต้น แล้วเลือกบอร์ดเป้าหมายเป็น at91sam7s64-ek จากนั้นคลิกปุ่ม Connect

8. หลังจากที่โปรแกรมเชื่อมต่อกับบอร์ด J-Link ได้แล้ว จะแสดงหน้าต่างหลักขึ้นมา ตรงแถบ Flash จะให้เลือกไฟล์ Firmware ตัวใหม่ ที่เราต้องการดาวน์โหลดลงบอร์ด J-Link จากนั้นกด Send File

9. ในขั้นตอนการดาวน์โหลดจะมีหน้าต่าง Unlock region(s) ขึ้นมา ให้กดปุ่ม Yes

10. จากนั้นจะมีหน้าต่าง Lock region(s) ขึ้นมา ให้กดปุ่ม No

11. หลังจากขึ้นตอนการดาวน์โหลด Firmware เสร็จสิ้นสมบูรณ์แล้ว J-Link ของท่านจะกลับมาใช้งานได้ปกติเหมือนเดิมและพร้อมใช้งานร่วมกับ J-Link software เวอร์ชันใหม่ๆ